Questo tutorial è stato approvato da specialisti, quindi la veridicità del nostro post è garantita.
Soluzione:
Soluzione 1:
Dopo aver calcolato con successo il potenziale elettrostatico di superficie, molden permette di visualizzarlo in una forma come
(fonte)
Un tutorial passo-passo, spero ancora funzionale, è questo. (Il mio ultimo contatto con Molden risale già a qualche anno fa).
Soluzione 2:
Ho trovato un modo semplice per farlo tramite Molden:
- Aprire il file .xyz tramite Molden:
gmolden myfile.xyz- Fare clic sul pulsante "Crea superfici ... ecc.
- Fare clic su Solv. Superficie acc.
- Fare clic su Elec. Pot. Mappato
- Fare nuovamente clic sul pulsante "Crea superfici ... ecc.
- Fare clic su Oneri derivati
- Fare clic sul pulsante "Crea superfici ... ecc.
(Per salvare la superficie, fare nuovamente clic sul pulsante "Crea superfici...", quindi su "Scrivi superficie" e assegnare un nome al file).
Ho ottenuto una visualizzazione come questa:
Tuttavia, non è così bella come vorrei, quindi se qualcuno invia una risposta con qualcosa che assomiglia di più al mio esempio dell'acqua, gliene sarei grato.
Soluzione 3:
Penso che questa possa essere considerata una risposta separata, utilizzando VMD.
Ho convertito il file .xyz in formato .pdb (o almeno in qualche variante della convenzione rigorosa). Il file appare quindi come di seguito. Le colonne sono per lo più arbitrarie, tranne le coordinate (colonne 7,8,9) e le cariche (colonna 11).
1) Ho caricato il file con VMD
2) Ho fatto clic (nella finestra principale) su Grafica ->
Rappresentazioni
3) Cliccare su Metodo di colorazione -> Beta (la colonna con le
cariche nel .pdb)
4) Fare clic su Metodo di disegno -> QuickSurf
5) Quindi
impostare le seguenti impostazioni: Risoluzione=0.5, Scala del raggio=0.5, Densità
Isovalue=0,5, Grid Spacing=0,5 e Surface Quality=Max.
6) Fare clic su
(nella finestra principale) Grafica -> Colori -> Scala colore (scheda)
7) Quindi impostare
queste impostazioni: Metodo=BWR, Offset=-0,03, Punto medio=0,00.
Ho ottenuto questa immagine:
ATOM 1 N MOF F 1 -0.215 -3.612 1.014 14.00700 -0.98043 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 2 N MOF F 1 -0.907 -3.663 -1.269 14.00700 -1.15928 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 3 H MOF F 1 -1.020 -4.516 -1.239 1.00790 0.45173 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 4 H MOF F 1 0.592 -3.533 3.408 1.00790 0.46605 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 5 H MOF F 1 1.138 -4.069 -6.662 1.00790 0.12135 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 6 Zn MOF F 1 1.049 0.362 1.462 65.39000 1.08557 1.988700 62.399227 2.461553
ATOM 7 C MOF F 1 0.826 0.806 4.183 12.01100 0.88512 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 8 C MOF F 1 0.417 1.494 5.456 12.01100 -0.15826 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 9 C MOF F 1 -0.186 2.734 5.458 12.01100 -0.03822 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 10 H MOF F 1 -0.320 3.185 4.658 1.00790 0.11123 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 11 N MOF F 1 3.030 0.215 1.014 14.00700 -0.98970 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 12 N MOF F 1 2.978 0.907 -1.269 14.00700 -1.32379 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 13 H MOF F 1 2.125 1.020 -1.239 1.00790 0.55292 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 14 H MOF F 1 3.108 -0.592 3.408 1.00790 0.59979 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 15 O MOF F 1 0.611 1.412 3.077 15.99980 -0.80546 0.851973 30.193174 3.118146
ATOM 16 O MOF F 1 1.326 -0.316 4.242 15.99980 -0.78673 0.851973 30.193174 3.118146
ATOM 17 C MOF F 1 -0.826 -0.806 -9.142 12.01100 0.93207 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 18 C MOF F 1 -0.417 -1.494 -7.869 12.01100 -0.11669 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 19 C MOF F 1 0.186 -2.734 -7.867 12.01100 -0.09239 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 20 H MOF F 1 0.320 -3.185 -8.666 1.00790 0.11624 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 21 O MOF F 1 -0.611 -1.412 -10.248 15.99980 -0.90874 0.851973 30.193174 3.118146
ATOM 22 O MOF F 1 -1.326 0.316 -9.083 15.99980 -0.83883 0.851973 30.193174 3.118146
ATOM 23 C MOF F 1 -0.487 -3.006 -0.183 12.01100 1.02987 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 24 C MOF F 1 0.218 -2.574 1.792 12.01100 1.08445 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 25 N MOF F 1 -0.287 -1.704 -0.139 14.00700 -0.55634 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 26 N MOF F 1 0.174 -1.421 1.164 14.00700 -0.66953 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 27 H MOF F 1 -1.063 -3.236 -1.999 1.00790 0.47914 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 28 N MOF F 1 0.588 -2.746 3.065 14.00700 -1.21993 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 29 H MOF F 1 0.822 -2.067 3.539 1.00790 0.53567 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 30 Zn MOF F 1 -1.049 -0.362 -1.462 65.39000 1.11531 1.988700 62.399227 2.461553
ATOM 31 C MOF F 1 -0.826 -0.806 -4.183 12.01100 0.93024 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 32 C MOF F 1 -0.417 -1.494 -5.456 12.01100 -0.16513 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 33 C MOF F 1 0.186 -2.734 -5.458 12.01100 -0.06813 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 34 H MOF F 1 0.320 -3.185 -4.658 1.00790 0.12591 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 35 C MOF F 1 -3.635 -0.487 0.183 12.01100 1.11280 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 36 C MOF F 1 -4.067 0.218 -1.792 12.01100 1.08992 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 37 N MOF F 1 -4.937 -0.287 0.139 14.00700 -0.66901 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 38 N MOF F 1 -5.220 0.174 -1.164 14.00700 -0.68365 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 39 N MOF F 1 -3.030 -0.215 -1.014 14.00700 -1.01056 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 40 N MOF F 1 -2.978 -0.907 1.269 14.00700 -1.37928 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 41 H MOF F 1 -3.406 -1.063 1.999 1.00790 0.46532 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 42 H MOF F 1 -2.125 -1.020 1.239 1.00790 0.59146 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 43 N MOF F 1 -3.896 0.588 -3.065 14.00700 -1.35982 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 44 H MOF F 1 -4.575 0.822 -3.539 1.00790 0.46237 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 45 H MOF F 1 -3.108 0.592 -3.408 1.00790 0.59502 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 46 O MOF F 1 -0.611 -1.412 -3.077 15.99980 -0.84629 0.851973 30.193174 3.118146
ATOM 47 O MOF F 1 -1.326 0.316 -4.242 15.99980 -0.78990 0.851973 30.193174 3.118146
ATOM 48 C MOF F 1 0.487 3.006 0.183 12.01100 1.05481 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 49 C MOF F 1 -0.218 2.574 -1.792 12.01100 1.07969 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 50 N MOF F 1 0.287 1.704 0.139 14.00700 -0.59652 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 51 N MOF F 1 -0.174 1.421 -1.164 14.00700 -0.65162 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 52 N MOF F 1 0.215 3.612 -1.014 14.00700 -0.98211 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 53 N MOF F 1 0.907 3.663 1.269 14.00700 -1.15390 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 54 H MOF F 1 1.063 3.236 1.999 1.00790 0.47225 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 55 H MOF F 1 1.020 4.516 1.239 1.00790 0.44830 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 56 N MOF F 1 -0.588 2.746 -3.065 14.00700 -1.19279 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 57 H MOF F 1 -0.822 2.067 -3.539 1.00790 0.51149 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 58 H MOF F 1 -0.592 3.533 -3.408 1.00790 0.45861 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 59 C MOF F 1 0.599 -3.311 -6.662 12.01100 -0.25368 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 60 C MOF F 1 -0.739 -0.894 -6.662 12.01100 -0.06065 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 61 H MOF F 1 -1.177 -0.074 -6.662 1.00790 0.13569 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 62 C MOF F 1 0.826 0.806 9.142 12.01100 0.92157 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 63 C MOF F 1 0.417 1.494 7.869 12.01100 -0.13626 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 64 C MOF F 1 -0.186 2.734 7.867 12.01100 -0.03347 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 65 H MOF F 1 -0.320 3.185 8.666 1.00790 0.09270 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 66 O MOF F 1 0.611 1.412 10.248 15.99980 -0.90075 0.851973 30.193174 3.118146
ATOM 67 O MOF F 1 1.326 -0.316 9.083 15.99980 -0.83647 0.851973 30.193174 3.118146
ATOM 68 C MOF F 1 -0.599 3.311 6.662 12.01100 -0.29931 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 69 H MOF F 1 -1.138 4.069 6.662 1.00790 0.13426 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 70 C MOF F 1 0.739 0.894 6.662 12.01100 -0.04864 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 71 H MOF F 1 1.177 0.074 6.662 1.00790 0.13042 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 72 C MOF F 1 3.635 0.487 -0.183 12.01100 1.07120 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 73 C MOF F 1 4.067 -0.218 1.792 12.01100 1.08532 1.288599 52.838055 3.430851
ATOM 74 N MOF F 1 4.937 0.287 -0.139 14.00700 -0.66095 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 75 N MOF F 1 5.220 -0.174 1.164 14.00700 -0.67297 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 76 H MOF F 1 3.406 1.063 -1.999 1.00790 0.45974 0.413835 22.141661 2.571134
ATOM 77 N MOF F 1 3.896 -0.588 3.065 14.00700 -1.35657 0.971573 34.722151 3.260689
ATOM 78 H MOF F 1 4.575 -0.822 3.539 1.00790 0.45717 0.413835 22.141661 2.571134
Soluzione 4:
Penso che il modo più semplice sia usare Multiwfn in combinazione con Jmol. Lì si può stimare/ricostruire l'ESP da cariche parziali.
Multiwfn
Caricare il file xyz con le cariche in Multiwfn, che dovrebbe riconoscere le cariche. In caso contrario, rimuovere le prime due righe e rinominare il file in file.chg.
5 Output and plot specific property within a spatial region (calc. grid data)8 Electrostatic potential from nuclear charges3 High quality grid , covering whole system, about 1728000 points in total2 Export data to Gaussian cube file in current folder
Ora si dovrebbe avere un file chiamato nucleiesp.cubche è un file di cubo gaussiano.
La prossima cosa di cui avete bisogno è un file cubo che contenga la densità di elettroni. Dovrebbe essere possibile ottenerlo con NWChem. In caso contrario, ottenere in qualche modo un file molden e costruire il file cubo anche in Multiwfn usando 5 > 1 > 3 > 2.
Jmol
In Jmol si fa clic con il tasto destro del mouse nell'area nera e si sceglie la console. Lì si scrive semplicemente: load "path/to/files/geom.xyz"; isosurface myiso cutoff 0.002 "path/to/files/density.cub" map "path/to/files/nucleiesp.cub"; show $myiso; color $myiso "rwb"; color $myiso translucent
e si otterrà un'immagine come questa:
Questo è l'ESP traslucido di colore rosso-bianco-blu sulla densità di elettroni (isovalore 0,002).
Se non si dispone dell'opzione per ottenere la densità, è possibile utilizzare anche la SAS, la superficie accessibile, che si presenterà in questo modo:
load "D:/calculations/mwfn-charges2esp/geom.xyz"; isosurface myiso solvent map "D:/calculations/mwfn-charges2esp/nucleiesp.cub"; show $myiso; color $myiso "rwb"; color $myiso translucent
PovRay
Un modo per ottenere belle immagini da Jmol è quello di renderizzarle con PoyRay, ma poiché non sono un esperto di Jmol, sono molto meno esperto di PovRay. Quindi il risultato è solo una sorta di "anteprima" di ciò che si ottiene senza alcuno sforzo.
Poiché non mi piacevano gli atomi grandi, ho cambiato la dimensione dell'atomo e il raggio della sfera nel file Jmol.pov come segue:
#macro a(X,Y,Z,RADIUS,R,G,B,T)
sphere{,RADIUS/5
pigment{rgbt}
translucentFinish(T)
clip()
check_shadow()}
#end
che si traduce in un'immagine come questa:
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